Análisis Bioinformático de datos RNA-seq

Cuándo

19-22 Junio 2017

Dónde

Facultad de Biología - Universidad de Salamanca

Un curso práctico

Aprender haciendo

La secuenciación masiva de RNA (RNA-seq) se ha convertido en el método más utilizado para medir y comparar los niveles de expresión génica.

Sin embargo, el análisis bioinformático de los datos generados suele suponer un reto para los laboratorios que utilizan esta tecnología.

Al acabar este curso usted podrá analizar datos de RNA-seq de forma autónoma, sabiendo además llevar a cabo la instalación de todos los programas necesarios.

Partiremos de cero, utilizando un Linux recién instalado para cada alumno y que se ejecutará en la Google Cloud Platform.

Contenidos Planificación

Profesores CV

Luis Quintales

Director del Curso

Catedrático de Lenguajes y Sistemas Informáticos
Instituto de Biología Funcional y Genómica - Universidad de Salamanca

Desde el año 2007 enseño Bioinformática a los estudiantes del Grado en Biotecnología impartiendo las asignaturas de "Informática" y "Bioinformática". También imparto desde 2007 la asignatura de "Minería de Datos aplicada a la Bioinformática" en el Máster Universitario en Sistemas Inteligentes.

Poseo una amplia experiencia en el análisis de datos genómicos obtenidos con microarrays, tiling microarrays y secuenciación masiva y he publicado en las revistas más prestigiosas del ámbito de la Bioinformática, como Briefings in Bioinformatics , Bioinformatics y BMC Bioinformatics.


Rodrigo Santamaría

Profesor Titular de Ciencia de la Computación e Inteligencia Artificial
Departamento de Informática y Automática - Universidad de Salamanca

He impartido la asignatura "Bioinformática" en la Licenciatura en Biotecnología y soy responsable actualmente de la asignatura de "Informática Biomédica" en el Máster Universitario en Ingeniería Informática.

Mi experiencia investigadora se centra en el desarrollo de algoritmos de análisis y la visualización de datos biológicos. He publicado en revistas como Bioinformatics y BMC Bioinformatics.


Precio Registro

Este curso forma parte del Programa de Formación Continua de la Universidad de Salamanca.
La matriculación debe hacerse a través del Centro de Formación Permanente de la Universidad de Salamanca.


Contacto Información

Si necesita más información acerca del curso no dude en ponerse en contacto con nosotros

Email: lamq@usal.es
Teléfono: +34 923294500 (6557)
Dirección: Edificio Dioscórides - Universidad de Salamanca

Preguntas Frecuentes

No. El curso se imparte en una aula de informática perfectamente equipada ubicada en el Edificio Dioscórides, de la Facultad de Biología de la Universidad de Salamanca.
No. Como sus propios autores comentan, TopHat actualmente está mínimamente mantenido y soportado y ha sido ampliamente reemplazado por HISAT2, que será el alineador con “splicing” que aprenderemos a usar. De hecho, el conjunto de utilidades HISAT2/StringTie/Ballgown constituyen el nuevo protocolo “Tuxedo”, como es denominado por los autores de la Johns Hopkins University. En el curso aprenderá a utilizar este nuevo protocolo.
Utilizaremos básicamente datos de RNA-seq de humano, pero además haremos un estudio completo en un organismo modelo, concretamente con Drosophila melanogaster. En el caso de humano, por razones de organización y rapidez, analizaremos un único cromosoma, pero aprenderemos a hacerlo con el genoma completo.
No. La parte experimental previa a la secuenciación se trata muy someramente, presentando los conocimientos mínimos para entender el tipo de datos que se va analizar. El curso se centra en el análisis bioinformático posterior a la secuenciación.
Porque nos permite utilizar una máquina con varios procesadores y memoria principal suficiente para hacer los cálculos con rapidez. Adicionalmente, cuando usted acabe el curso, podría utilizar el mismo entorno, u otro similar como Amazon Web Services, adaptado a sus necesidades computacionales.
Sí. Cada asistente al curso dispondrá de una máquina Linux recién instalada que será arrancada en el entorno de Google Cloud Platform. Posteriormente iremos instalando todo el software necesario para ir realizando el análisis. De este modo, cuando usted vuelva a su puesto de trabajo habitual podrá reproducir todo el proceso y hacer nuevos análisis de datos RNA-seq de forma autónoma.
Ubuntu 16.04. No obstante lo que se vea en el curso sería directamente utilizable con otras distribuciones/versiones de Linux.
La inmensa mayoría de las herramientas desarrolladas en el campo de la bioinformática, han sido diseñadas para ser utilizadas desde la línea de comandos en un entorno Unix. Las correspondientes al análisis de datos RNA-seq no son una excepción. Aunque veremos brevemente algunas aproximaciones de usuario final utilizables a través de la Web, sólo se tiene toda la potencia cuando se saben utilizar las herramientas originales en Unix.
1. Personas del ámbito experimental en biomedicina que han realizado o tienen planificado realizar experimentos de RNA-seq y quieren ser autónomos también en la parte final correspondiente al análisis bioinformático.
2. Personas del ámbito de la bioinformática que quieren aprender a hacer análisis de datos RNA-seq, para incorporar este tipo de análisis entre las tareas a realizar de forma puntual o rutinaria.
No. Únicamente escribiremos algunas pequeñas scripts de la shell de Unix y de R, que serán explicadas convenientemente, y que no requieren conocimientos previos de programación.
No. Si ya ha trabajado en Unix, tendrá más soltura para seguir el curso. Sin embargo, la planificación del curso se plantea supiendo que sus conocimientos de Unix son nulos. Por ello, el primer día se dedicará un tiempo importante para enseñarle algunos comandos Unix que luego le permitirán seguir con facilidad las sesiones de los días siguientes, trabajando ya desde la línea de comandos.
Aula de Informática 2. Edificio Dioscórides. Facultad de Biología. Paseo Universidad de Coimbra, 7, 37007-Salamanca. Puede ver un mapa con su ubicación en el apartado Contacto
Sí. Para aquél que lo desee, puede alojarse en el Colegio Mayor San Bartolomé. El precio es de 25€ (IVA incluido) en habitación individual, en régimen de alojamiento y desayuno. El Colegio se encuentra a 400 metros de la Estación de Autobuses y a 600 metros del Edificio Dioscórides. Para reservar la habitación deberá enviar relleno con sus datos este formulario a la dirección de email "aeg@usal.es" indicando que está matriculado en este curso.